为保障当事人合法权益，《规定》还新增了从旧兼从轻的法律适用规则；明确了非现场执法当事人查询、陈述和申辩权的保障；调整了纳入听证的案件范围，延长了当事人申请听证的期限。
《规定》还进一步强化执法监督，明确了可以设定属地管辖以外的特殊管辖规则的法律规范层级，增加了上级交通运输执法部门直接指定管辖的规定；规范了电子监控设备的设置、应用和证据审核；规范了当场行政处罚决定书记载事项，处罚决定公示撤回情形等相关内容，进一步规范执法行为。同时，为进一步加强层级监督和社会监督，新增了执法部门健全监督制度和主动接受社会监督、纠正违法行为的规定。
为进一步优化办案程序，《规定》一方面优化完善了普通程序，明确了执法案件办理期限以及延长办案期限的特殊情形；将行政处罚法制审核的范围调整为重大行政处罚案件，并明确其情形。另一方面调整完善了简易程序，进一步简化了办案流程，调整了当场作出行政处罚决定的案件范围，以提升执法效率。
